Lo hizo en el marco de una causa paralela a la denuncia de Nisman, motivada por una presentación del abogado Santiago Dupuy de Lome, sobre la base del contenido de una conversación telefónica entre el ex canciller Héctor Timerman y el ex presidente de la AMIA Guillermo Borger.

Timerman, según el contenido difundido de aquella conversación, le dijo a Borger, en el contexto de una discusión sobre el Memorándum de Entendimiento con Irán: "Hace 18 años que pusieron la bomba. Vos no me decís con quién negociar, me estás diciendo con quien no negociar, qué vivo que sos. ¿Con quién querés que negocie entonces?".

Bonadio tiene a su cargo esa investigación, cuyo objeto procesal es la actuación del ex canciller Timerman, y en ese contexto pidió el expediente archivado por Rafecas en lo que técnicamente se conoce como "ad effectun videndi" (para tomar vista de las actuaciones).

Rafecas ratificó hace tres semanas que la denuncia de Nisman contra la ex presidenta Cristina Fernández y el ex canciller Timerman está archivada con fuerza de cosa juzgada y no hay posibilidades de reabrirla.

El juez rechazó un planteo del fiscal Gerardo Pollicita en base a lo que le pidieron sus colegas Carlos Stornelli y Raúl Pleé, frente a una polémica votación que debía hacerse en la Cámara Federal de Casación Penal sobre el Memorándum con Irán.
Pollicita quería la reapertura del caso, pero el juez Rafecas sostuvo que esa causa está "cerrada y archivada".

"El expediente ha sido terminado y archivado a raíz de la desestimación de la denuncia por inexistencia de delito", afirmó el magistrado en su escrito, donde resaltó que su fallo "ha quedado firme en razón de haberse agotado las instancias recursivas".

Por lo tanto, el planteo "no habrá de prosperar", resumió el juez en una resolución.

Nisman había presentado el 14 de enero de 2015 una denuncia contra Cristina Fernández, Timerman, el diputado camporista Andrés "Cuervo" Larroque, los piqueteros Luis D'Elía y Fernando Esteche, el agente Allan Bogado y el ex juez Héctor Yrimia.
A todos los acusó de haberse asociado en un plan de encubrimiento a Irán por su responsabilidad en el atentado con la AMIA, que iba a disolverse a través del Memorándum firmado en 2013 entre Argentina y el país persa.

Nisman murió de un balazo en la cabeza cuatro días después de esa denuncia, el 18 de enero de 2015, y su fallecimiento sigue siendo un misterio para la Justicia.